Een steeds groter wordende dreiging om in handen te vallen van buitenlandse groepen overheerste de Belgische markt van de groothandelaar-verdelers. De overname van Inter Nos door de Franse groep CERP kon nog net voorkomen worden. Niet alleen dit voorval, maar ook de visie dat enkel een grotere structuur in de toekomst de meeste kansen bood op overleven, leidde tot de oprichting in 1996 van FEBELCO. De drie deelnemende coöperatieve groothandels ASMA, INTER NOS en LIFAK gingen in een aantal gemeenschappelijke projecten samenwerken.

In februari 2001, na intens overleg, werd besloten in de schoot van de al bestaande maatschappij de krachten te bundelen en ook op operationeel niveau samen te werken. Het Antwerpse Asma, het Westvlaamse Inter Nos en het Limburgse Lifak brachten hun operationele handelsactiviteiten onder in Febelco cvba.

Febelco werd, met een omzet van meer dan 744 miljoen euro (30 miljard Bef) en een marktaandeel van bijna 30% in België (marktpenetratie in Vlaanderen meer dan 50%), de voornaamste speler. Hierdoor verwierf Febelco een plaats in de top 100 van de Belgische bedrijven.

Sinds 1 januari 2002 is Febelco een nieuwe coöperatieve groothandel waarvan het aandelenkapitaal volledig in handen is van de klanten, nl. de zelfstandige Belgische apothekers. Bijna alle andere belangrijke spelers op de markt zijn intussen in buitenlandse handen.

De definitieve samenwerking van de drie partners resulteerde in een sterke expansie van de Centrale Diensten. Sint-Niklaas bood als centrumstad bepaalde voordelen voor de inplanting van de nieuwe maatschappelijke zetel, wat op 1 september 2003 realiteit werd.

Om, ondanks de toenemende verkeersdrukte, een goede service in het Waasland te kunnen blijven waarborgen en tevens het potentieel in deze regio uit te breiden, werden eind 2004 de werken gestart aan een nieuwe vestiging in Sint-Niklaas. Op 17 juni 2006 werd Febelco Sint-Niklaas, de ontbrekende schakel, de brug naar de Oost-Vlaamse regio, operationeel. Maar Febelco beperkte haar ambities niet tot dit ene project. Ondertussen werden ook de werken gestart aan een nieuwbouw in Brugge en de vestigingen in Izegem en Kortenberg ondergingen belangrijke verbouwing- en uitbreidingswerken.

Febelco Deurne werd Febelco Wijnegem. Omdat verdere uitbreiding in Deurne onmogelijk was geworden werd een nieuwe vestiging gebouwd in Wijnegem. Febelco Wijnegem werd operationeel op 19 september 2009.

Op 16 februari 2009 werd de verkoopovereenkomst tussen Mauroy sa en Febelco cvba getekend. Sindsdien is Mauroy een 100% dochteronderneming van Febelco geworden. Met hun gezamenlijke troeven zal Febelco ook in het Franstalige landsgedeelte verder worden uitgebouwd tot een gevestigde waarde. Mauroy blijft als zelfstandige dochter haar regio bedienen en zal kunnen steunen op de diverse diensten van Febelco.

Op 1 februari 2010 droeg Crocodile nv haar groothandelsactiviteiten voor humane geneesmiddelen over aan Febelco cvba, waardoor de positie van Febelco op de Belgische groothandelsmarkt nog werd verstevigd.

Vandaag opereert Febelco met 880 werknemers vanuit acht vestigingen (Brugge, Diest, Hasselt, Izegem, Kortenberg, Olen, Sint-Niklaas en Wijnegem). De acht verkooppunten zijn uitgerust volgens GDP-normen (goede distributie praktijken) en beschikken over de modernste technologie op het gebied van informatica. Meer dan 200 bestelwagens leggen dagelijks meer dan 50.000 kilometers af om de apothekers te bevoorraden. Febelco is hierdoor een stevige partner in de distributieketen van de industrie naar de apotheek.

Febelco is voortdurend in expansie. In 2007 werd de 1 miljard euro omzet overschreden en 2009 werd afgesloten met een jaaromzet van € 1.305.847.876,00. Het marktaandeel is inmiddels gestegen tot 36,18% met nog steeds een marktpenetratie in Vlaanderen van meer dan 50%.